В органах Следственного комитета Алексей Гаврильевич служит с момента создания ведомства. Он занимал должности следователя, заместителя руководителя, руководителя межрайонного следственного отдела, проявив себя компетентным и опытным сотрудником.
До назначения на должность руководителя следственного отдела по Алданскому району Алексей Попов нес службу в аппарате следственного управления.