Музей истории медицины основан 21 декабря 1990 года. Его фонды на сегодняшний день насчитывают около 85 000 единиц хранения и включают уникальные документы, произведения искусства, вещественные памятники, в том числе коллекцию медицинских инструментов XVIII–XIX веков и др.
В экспозиции «История отечественной медицины с 1755 по 1940-е годы» находится портретная галерея выдающихся деятелей отечественной медицины, чьи имена были связаны с историей вуза. Здесь же можно увидеть раритеты музейного собрания: набор инструментов конструкции Н. И. Пирогова, голову древнеегипетской мумии, газоанализатор, созданный И. М. Сеченовым. Музейные экспонаты знакомят с деятельностью выдающихся представителей отечественной медицины, таких как Ф. И. Иноземцев, Г. А. Захарьин, Н. Ф. Филатов, Н. А. Семашко и др.
