В экспозиции «Белозерск исторический» представлена история Белозерья, начиная с каменного века. В залах размещены материалы археологических исследований, макеты Белозерского кремля (крепость второй половины XV в.), 17 храмов (XVI–XIX вв.). В залах экспозиции размещены мебель, предметы интерьера (XIX – нач. XX в.), денежные знаки (XVIII – нач. XX в.), личные вещи купцов и мещан города, раскрыта история создания и функционирования Мариинской водной системы и Волго-Балтийского водного пути, развитие рыбного промысла. Здесь можно узнать о революционных событиях ХХ в., о коллективизации и индустриализации, развитии сельского хозяйства и промышленных предприятий и других эпизодах истории района.
Зал воинской славы расскажет посетителям об участии белозерцев в Куликовской битве и войне 1812 года, о Первой мировой и Великой Отечественной, об Афганистане и Чечне. Экспозиция оборудована интерактивными комплексами: устройство для добывания огня, археологический раскоп, капитанская рубка, завязывание морских узлов, средневековые доспехи и оружие. В экскурсиях используются аниматоры (археолог, дружинник, сестра милосердия), свето- и аудиоэффекты.
Сотрудники музея проводят обзорные экскурсии по городу, экспозиции, а также квест-игру «Сокровищница московской казны».
