Создан на базе Нарымского окружного музея краеведения, перевезенного из с. Парабели в административный центр Нарымского округа – раб. пос. Колпашево.
В 1963 г. музей стал филиалом Томского областного краеведческого музея.
В 1970–1977 гг. музей находился на капитальном ремонте, а в 1977 году открылась стационарная экспозиция, в основе своей существующая и сегодня: отдел природы (4 зала) и отдел истории (7 залов).
Всего в фондах музея находится более 32 тысяч предметов, комплексно отражающих материальную и духовную культуру населения севера Томской области – селькупов, хантов, эвенков, русских старожилов. Музей также располагает обширным художественным собранием работ томских художников и местных художников.
