В Музее природы представлены экспозиции, посвященные растительному и животному миру заповедника, расположенные в двух залах.
Первый зал посвящен природным ценностям Красновишерского района, геологическим и гидрологическим особенностям территории Вишерского заповедника, а также истории вишерских манси (аборигенов Урала). Геологический раздел экспозиции прекрасно дополняет коллекция минералов и горных пород с разных территорий Урала и уникальная геологическая карта Урала 1939 года. Интересным экспонатом является квартальный столб от лесоустройства 1915 года, найденный на территории заповедника в районе кордона Лыпья в 2009 году.
Второй зал музея посвящен разнообразию растительного и животного мира заповедника. Уникальными по исполнению являются объемные инсталляции природы горной тайги и горной тундры, которые полностью имитируют данные сообщества с их обитателями. Кроме инсталляций в зале размещается фотовыставка «Животный мир Вишерского заповедника», дополненная природными экспонатами, иллюстрирующими жизнь зверей. Для людей, интересующихся растительным миром, представлены растения, произрастающие на коллекционном участке. Современным новшеством экспозиции является интерактивная панель, где можно посмотреть фотографии и видеосюжеты о заповеднике.
