Музей археологии и этнографии открыл двери для первых посетителей в январе 1981 года. Особняк, в котором разместился музей с 2007 года, является памятником архитектуры XIX–XX вв. Архитектурные особенности здания полностью сохранены и являются предметом экспонирования.
Академический музей состоит из четырех залов: «Археология Южного Урала», «Мир башкирской культуры», «Народы Башкортостана» и «Золото сарматов». В зале «Археология Южного Урала» последовательно представлены этапы развития человеческих сообществ на Урале. Традиционный быт и культура башкир в XIX–XX вв., виды хозяйственной деятельности, народные промыслы и декоративно-прикладное искусство демонстрируются в зале «Мир башкирской культуры». В экспозиции «Народы Башкортостана», на примере традиционной одежды, показана специфика национальной культуры восточнославянских, тюркских и финно-угорских народов, проживающих на территории Республики Башкортостан, в свою очередь костюмные комплексы гармонично дополнены предметами быта, хозяйства и прикладного искусства. Золотая коллекция из Филипповского курганного могильника (IV в. до н.э.) размещена в экспозиции «Золото сарматов», в ней выставлены коллекция «Золотые олени Евразии», золотая и серебряная посуда, деревянные сосуды с оковками из золота, оружие древних кочевников и детали конского снаряжения.
Современный музей функционирует как научно-исследовательское, просветительского и образовательное учреждение, является крупным хранилищем разнообразных источников по истории региона. Он создает не только постоянные, но и временные экспозиции.
