История музея началась в 1967 году. Решением исполкома Нефтекамского городского совета депутатов трудящихся для историко-краеведческого музея было выделено небольшое помещение на проспекте Юбилейном. Музей работал на общественных началах. Совет музея возглавлял Салих Сахапович Магадеев.
В 1991 году музей получил статус городского историко-краеведческого. В октябре 2007 года распоряжением главы администрации было принято решение о выделении для музея нового помещения. В 2008 году он открыл свои залы перед посетителями. С 2007 года по 2022 год музеем руководила
Копьева Галина Григорьевна. В настоящее время должность директора занимает Бессонова Чулпан Борисовна.
Музей расположен в самом центре города. Общая площадь здания – 1 876,9 кв. м. Более 16 000 памятников материальной и духовной культуры хранится в экспозициях и фондах музея. Современный дизайн, удобное расположение богатых экспозиционных залов, уютный вестибюль создают благоприятную атмосферу для посетителей. Музей имеет 5 экспозиционных залов: «Палеонтология и археология», «Природа и животный мир», «Этнография народов Республики Башкортостан», «Боевая слава», «История г. Нефтекамска» и 2 выставочных зала, в которых периодически экспонируются тематические, персональные, а также передвижные выставки, 2 аудитории для проведения мастер-классов.
