Музей открылся 23 апреля 1974 года. Он расположен рядом с археологическим памятником федерального значения – городищем «Албазинский острог» (место первого укрепленного поселения русских на Амуре в XVII веке). Инициатором создания музея стала Агриппина Николаевна Дорохина (1911–2002) – потомственная албазинская казачка из рода Суриковых.
В фондах музея хранятся уникальные предметы XVII столетия, обнаруженные в ходе археологических раскопок памятника: коллекция нательных крестов защитников Албазинского острога, орудия труда, предметы быта, образцы вооружения албазинцев. Экспозиция рассказывает о том, как осваивали суровый Приамурский край русские первопроходцы в XVII веке, как в XIX столетии, вернувшись сюда снова, они основали Албазинскую станицу. В центре экспозиции – комплекс об истории создания Албазинского воеводства.
В 1990-е годы на территории музея был возведен этнографический комплекс «Казачья изба с подворьем» периода XIX – начала XX века с амбаром, завозней, кузницей, баней по-черному, а недалеко от подворья построили церковь.
В 2000 году Албазинский музей стал лауреатом конкурса среди провинциальных учреждений культуры на соискание премии газеты «Культура» «Окно в Россию» в номинации «Музей года».
Сегодня это один из самых привлекательных туристических объектов Дальнего Востока России, место проведения региональных и всероссийских фестивалей казачьей культуры, краеведческих конференций.
