Красноярский районный музей изначально был школьным и образован при Красноярской средней школе № 1 в 1970 году. В 1973 году было выделено помещение в здании военкомата. Согласно решению исполнительного комитета Красноярского районного совета народных депутатов № 145 от 12 декабря 1989 года на общественных началах был организован историко-краеведческий музей с. Красный Яр при отделе культуры райисполкома. Постановлением администрации Красноярского района № 458 от 23 апреля 2009 года был создан районный музей как структурное подразделение муниципального учреждения «Межпоселенческий культурно-досуговый центр «Мир».
С 2009 по 2011 год музей работал как выставочный зал. Как Красноярский районный музей функционирует с 27 декабря 2011 года. Его фонд насчитывает более 400 музейных предметов, большую часть которых составляют предметы быта и этнографии.
На постоянной основе действуют 3 экспозиции: «От бугра Красные Ярки до Красноярского района», «Археологическое наследие Красноярского района», «Природа Красноярского района». Темы и ведущие идеи полностью соответствуют краеведческому профилю музея. Также имеется интерактивный уголок «Избы крестьянской милое убранство», периодически меняются временные выставки.
В учреждении регулярно проводятся мероприятия с использованием различных форм культурно-образовательной деятельности: экскурсии, экскурсы, интерактивные, познавательные, экологические площадки, квесты, музейные уроки, викторины и др.
