Музей создан в 1991 году как научный и культурный центр по изучению мамонтовой фауны и среды ее обитания в ледниковом периоде.
В недрах Якутии обнаружена значительная часть всех известных в мире уникальных находок мамонтов, шерстистых носорогов, бизонов, овцебыков, пещерных львов и других животных давно минувшей эпохи. Среди них – первый в мире скелет мамонта (мамонт Адамса), найденный в 1799 году в дельте реки Лены; хорошо сохранившийся труп мамонта с реки Березовки (раскопан экспедицией Петербургской Академии наук под руководством 0. Ф. Герца в 1901–1902 гг.). В более позднее время в различных районах Якутии найдены полный скелет чурапчинского носорога с остатками кожи и шерсти (1972), скелет шандринского мамонта с сохранившимся внутренностями (1971), нога мамонта с волосяным покровом из Берелехского кладбища мамонтов (1970), труп селериканской лошади (1968), полуторагодовалый мылахчинский бизон с остатками мягких тканей и шерсть (1971) и другие.
Благодаря многолетним усилиям всех поколений ученых эти находки стали бесценными музейными экспонатами, которые украшают залы многих российских музеев. Один из таких экспонатов – полный скелет мамонта – выставлен в музее естественной истории в Париже.
