Музей имеет 17 172 единиц хранения уникальных по своему роду предметов, связанных с историей края, этнографией, археологией. В основном фонде сегодня имеется 14 383 предметов. Наиболее ценные музейные коллекции Алейска представлены живописными работами художников края, нумизматикой (1 402 единиц хранения), экспонатами этнографического направления, уникальной коллекцией камней и минералов.
Музей был основан в 1982 году по инициативе трудящихся города. За время своей деятельности музей сложился как уникальный организм и занял достойное место в культурной жизни города. В сентябре 1999 года музей получил постоянную прописку в здании бывшего Госбанка, где в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годы располагался Харьковский эвакогоспиталь.
Коллекции музея отражают историю города от первых поселений до современности, рассказывают о природных богатствах, развитии железной дороги, истории предприятий и учреждений города, раскрывают развитие православия и отображают самобытность культуры и быта народов России: русских, немцев, украинцев, белорусов, узбеков и др.
