Музей организован в 2006 г. Профиль музея – естественно-научный, научно-технический и историко-культурный. Музей включает три основных музейно-научных комплекса: экспозиционно-выставочный зал; Шахта Шергина; подземная научная лаборатория института. Главной целью создания Музея является пропаганда значимости изучения и учета вечной мерзлоты и науки мерзлотоведения в социально-экономическом и общекультурном развитии северных регионов. История взаимовлияния человека и криолитозоны, в том числе результаты работы отечественных мерзлотоведов, сами по себе являются значимой частью общекультурного наследия.
Профиль музея определен как естественно-научный, научно-технический и историко-культурный. Он ставит задачи пропаганды привлекательности науки среди молодежи, общей и научной профессиональной ориентации, рассказывать о научной продукции института в ее практическом значении, а также поддерживать новые идеи междисциплинарных научных исследований, выполнять просветительские и образовательные функции.
