Музей был создан 5 октября 1996 года.
В 1996 году в преддверии празднования 30-летия города по инициативе главы администрации ЗАТО Бойцова Л. Н. в Вилючинске было образовано новое учреждение культуры – Народный музей истории города.
На сегодняшний день музей располагает 257,2 кв. м, имеет 4 зала общей площадью 177,38 кв. м, фондохранилище и административно-хозяйственные помещения. Основной фонд музея насчитывает более 4 000 единиц хранения. Выделены следующие коллекции: естественно-научная, фалеристическая, нумизматическая, этнографическая, письменные источники, полиграфическая и печатная продукция, символика, документы, фотодокументы и др.
