Музей Черноморского флота ведет свое начало от Музея Севастопольской обороны 1854–1855 гг., который был основан 14 (26) сентября 1869 г. по инициативе участников 349-дневной обороны Севастополя и при покровительстве императора Александра II.
В течение 25 лет экспозиция музея размещалась в пяти комнатах дома генерала Э. И. Тотлебена – одного из руководителей обороны Севастополя. Новое здание было построено в 1895 году по проекту академика архитектуры А. М. Кочетова. Проект был утвержден лично императором. Бронзовые фигуры, украшения, чугунные арматуры, лепные работы внутри здания были выполнены в Одессе по эскизам скульптора Б. В. Эдуардса.
За более чем полуторавековую историю своего существования Музей Черноморского флота превратился в подлинную сокровищницу реликвий, отражающую этапы развития Черноморского флота. Это один из старейших военных и морских музеев нашей страны. С 31 декабря 2020 г. он является филиалом Центрального военно-морского музея имени императора Петра Великого.
