В 1988 г. было построено здание под музей, сформированы экспозиции в трех залах. Директором назначена У. Г. Черепанова.
1 января 1992 г. музей стал филиалом Канского краеведческого музея, а в 1992 г. – государственным учреждением. 6 октября 1993 г. был образован Богучанский краеведческий музей, в 1998 г. ему было присвоено имя Д. М. Андона, внесшего большой вклад в организацию учреждения.
17 августа 2005 г. Богучанский музей сгорел, а 25 августа 2007 г. он пережил второе рождение.
В 2009 г. музей открыл двери с новой экспозицией «Дом на реке». Она строится на символическом сплаве вдоль смысловой оси сквозной стены «Реки» различных по форме и материалу залов: «Пещера», «Мать-сосна», «Изба», «Разобранный храм», «Советское время», «Плотина».
Музейное собрание составляет 4 400 единиц хранения, обширны коллекции «Предметы прикладного искусства, быта и этнографии», «Документы», «Археология». Все экспонаты иллюстрируют историю Красноярского края и Богучанского района.
