Археологическая наука в Сахалинском государственном университете началась в 50-х годах ХХ века с появлением археологического кружка при кафедре истории в Южно-Сахалинском пединституте (ЮСГПИ). В 1962 году В. А. Голубевым собраны первые археологические коллекции на Курильских островах. После отъезда с острова В. А. Голубева лабораторию археологии ЮСГПИ (СахГУ) возглавил его ученик – А. А. Василевский, ему принадлежит идея создания нового подразделения университета – Учебного археологического музея.
В 2003 году университет выделил помещение, началась работа по ремонту здания, упорядочиванию фондов и формированию экспозиции. Торжественное открытие музея состоялось 10 октября 2008 года.
В настоящее время фонды музея содержат больше тысячи археологических и этнографических коллекций, возрастом от 250 тысяч до 100–50 лет назад и включающие орудия из камня, керамику, костяные изделия, украшения и предметы искусства, антропологические и фаунистические останки, палеонтологические находки.
