Сибирский филиал Государственного центра современного искусства открылся в Томске 25 марта 2013 года. Сибирский филиал ГЦСИ – первое федеральное учреждение культуры в городе, он стал шестым в структуре ГЦСИ и отвечает за всю Сибирь. На пресс-конференции по случаю открытия филиала было объявлено о начале реконструкции здания, в котором будет располагаться филиал – так называемых Гороховских складов архитектора Крячкова на набережной Томи.
Руководителем филиала назначена Анна Терешкова из Новосибирска, член Общественного совета при Министерстве культуры РФ, входящая в рабочую группу по современной культуре вместе с Ольгой Свибловой, Иосифом Бакштейном и другими известными деятелями искусства. С июня 2014 года руководителем филиала назначен Вячеслав Мизин (Новосибирск), участник всемирно известной арт-группы «Синие носы», куратор.
Деятельность ГЦСИ-Томск включает популяризацию и поддержку современного отечественного искусства, различные формы выставочных и аудиовизуальных проектов, инсталляций, перформансов, видео- и кинопросмотры, творческие встречи. Также ГЦСИ занимается аналитической и образовательной деятельностью – проводит лекции, семинары, мастер-классы.