Музей истории православия открыт 4 ноября 2016 г., в День народного единства и День образования Марийской автономной области. Музей является филиалом Национального музея Республики Марий Эл имени Т. Евсеева.
Экспозиция музея отражает историю православия на Марийской земле, храмовое строительство и приходскую жизнь на территории Марийского края в XVIII – начале XX в. Также здесь раскрыта миссионерская и культурно-просветительская деятельность церкви на территории Марийского края в XVIII – начале XX в., представлена история православной церкви в Марийском крае в советский период и православие на территории Республики Марий Эл в настоящее время.
В экспозиции содержатся фондовые материалы Национального музея имени Т. Евсеева: иконы, распятия, складни, облачения священнослужителей, фотодокументальный материал, духовная литература. Представлены инсталляции «Монашеская келья Свято-Троицкого женского монастыря в г. Козьмодемьянске», «Разрушение Входо-Иерусалимской церкви Богородице-Сергиева женского монастыря». Также здесь можно увидеть макеты церквей Йошкар-Олы.
