Музей родился в 1957 году из комнаты боевой славы Перекопа. Основной фонд на то время составляла коллекция экспонатов периода Гражданской войны 1920 года (первого штурма Перекопа) и периода Великой Отечественной войны (второго Штурма Перекопа).
В фонд музея входят коллекции археологии ямной и катакомбной культур, полученные в ходе раскопок древних курганов, которые лежали на пути пролегания Северо-Крымского канала, артефакты скифского периода, Крымского ханства и господства Османской империи. Этнографическую коллекцию составляют предметы быта переселенческих народов и крымских татар. Самой большой является коллекция, посвященная Великой Отечественной войне 1941–1945 годов – это и документы, и фотографии, и воспоминания ветеранов, и предметы с полей сражений.
На сегодняшний день в фондах музея до 10 тысяч экспонатов, раскрывающих историю Северного Крыма от древних времен до современной жизни Красноперекопска.
