Становление отдела природы как самостоятельного отдела Национального музея Республики Северная Осетия – Алания относится к 1942 г., когда ему была выделена площадь в здании краеведческого музея, размещавшегося тогда в Музейном переулке (ныне ул. Ботоева). Экспозиция отдела включала зоологическую, ботаническую и палеонтологическую коллекции. С окончанием Великой Отечественной войны отдел был переведен в здание Суннитской мечети. Его экспозиционная площадь была значительно расширена, за счет чего появилась возможность демонстрации рельефа, природно-климатических ареалов, животного и растительного мира республики.
В 1969 г., с размещением экспозиции краеведческого музея в здании на проспекте Мира, экспозиция отдела природы была возвращена в прежнее здание в Музейном переулке. С 1975 г. отдел природы размещается на улице Ленина.
Экспозиция представлена диорамами, демонстрирующими разные природно-климатические зоны и животный мир Осетии, энтомологической, палеонтологической и геологической коллекциями.
Отдел природы Национального музея Республики Северная Осетия – Алания является одним из центров экологического воспитания подрастающего поколения. На его базе регулярно проводятся различные мероприятия, воспитывающие уважительное и бережное отношение к природе.