История музея берет свое начало в 1996 году, когда был основан Центр декоративно-прикладного и народного искусства для детей и юношества, положивший начало комплектованию коллекций народного костюма, предметов крестьянского быта, художественных промыслов Липецкого края. После получения статуса музея и до 2014 года это были основные направления его деятельности.
В 2014 году экспозиционные площади музея расширились за счет выставочного проекта «Привет из Липецка XX века». Музей начал комплектовать коллекции советского времени.
В 2016 году в ведении музея появился (а в 2020 году был отреставрирован) филиал, расположенный в здании бывшей городской управы первой половины XIX века, объекте культурного наследия. Фонды музея стали пополняться предметами городского быта конца XIX – начала XX века. А в 2021 году был здесь реализован проект «Липецкие истории», благодаря которому было собрано множество воспоминаний о разных периодах жизни города.
Сегодня учреждение носит название «Липецкий историко-культурный музей», оно отражает расширение направлений его деятельности, которое теперь охватывает не только народную, но и городскую культуру.
Предметы крестьянского быта, традиционные праздничные народные костюмы, предметы народных промыслов и ремесел Липецкой земли составляют основу постоянно действующей экспозиции «Народная культура Липецкого края».
