В 1905 году при местном земстве был организован музей наглядных пособий в помощь учащимся. При участии графини П. С. Уваровой он постепенно превратился в историко-краеведческий. В музее появились экспонаты, переданные из коллекции графов Уваровых, хранившейся в имении Поречье Можайского уезда.
После февральской революции 1917 года музей остался без надзора. Его экспонаты разошлись по можайским школам, частично попали в музей, организованный местной кооперацией. Этот музей просуществовал до пожара 1920 года, когда почти все его экспонаты погибли в огне.
Перед началом боевых действий в 1941 году коллекции музея были эвакуированы в Областной краеведческий музей г. Истры, откуда после войны по разным причинам не вернулись. С 1986 года это филиал Бородинского военно-исторического музея-заповедника.
В 1985 году в Можайске был открыт Дом-музей народного художника СССР С. В. Герасимова, который с 1990 года стал филиалом Бородинского военно-исторического музея-заповедника в структуре Можайского историко-краеведческого музея.
Фонды музея включают коллекции историко-бытовых предметов, археологических находок, документов и фотографий, коллекцию произведений живописи и графики можайских художников, С. В. Герасимова и его учеников.
В настоящее время в здании музея работает выставочный зал, в котором посетители знакомятся с тематическими выставками из фондов музея, меняющимися не реже четырех раз в год.
