Музей является структурным подразделением Института археологии и этнографии СО РАН, создан по инициативе и под руководством первого директора академика А.П. Окладникова в 1968 году в качестве одного из подразделений института.
Формирование коллекций и создание экспозиций строилось практически одновременно, поскольку была развернута активная экспедиционная деятельность на огромной территории от Урала до Дальнего Востока.