Музей основан 16 (28) августа 1891 года. Его открытию предшествовала выставка, устроенная золотопромышленниками в честь приезда в Благовещенск наследника царского престола Николая Александровича Романова, будущего императора Николая II. Музей расположен в одном из красивейших зданий города, в котором в конце XIX – начале XX веков находился универсальный магазин Торгового дома «Кунст и Альберс». С 1993 года музей носит имя известного учёного-краеведа Г. С. Новикова-Даурского.
В фондах музея хранится свыше 160 тысяч предметов по природе, истории и культуре Приамурья, многие из которых уникальны: доспехи японского самурая XVII века, костюмы и атрибуты даурского и эвенкийского шаманов конца XIX – начала XX веков, Усть-Нюкжинский метеорит, коллекция предметов искусства стран Востока и т. д.
