Дата основания музея – 23 февраля 1989 года.
Объем фонда на 1 января 2021 года – 12 406 единиц хранения: основной фонд – 9 722 единицы, научно-вспомогательный фонд – 2 684 единицы. Основной фонд музея включает в себя предметы археологии, коллекции этнографии, нумизматики, живописи, скульптуры, редкой книги, документов, изделия декоративно-прикладного искусства, предметы естественнонаучной коллекции и истории техники.
В музее функционируют стационарные экспозиции «Русский заполярный город Мангазея», «Природный мир реки Таз», «Традиционная культура тазовских селькупов», «Религиозные представления народов Севера», «История Красноселькупского района», «Сталинская железнодорожная стройка № 503 «Чум – Салехард – Игарка». Имеется выставочный зал для временных выставок и лекционный зал.
На территории музея с 2004 года расположена экспозиция под открытым небом «Селькупский дом», которая находится перед фасадом здания музея и включает в себя 6 сооружений в натуральную величину: пой мот, или мот чуй (буквально «деревянный дом» или «покрытый дом»), локра пой мот – деревянный дом пирамидального типа, кор – лабаз, шокыр – печь, каркас чума (во время проведения праздничных мероприятий покрывается покрышками), деревянную скульптуру, создан природный ландшафт.
