Музей основан в 1982 году как общественный по инициативе О.А. Григорьевой председателем горисполкома г. Нефтеюганска А.И. Григорьевым и заведующей отделом культуры Н.Л. Морозовой. Возглавила учреждение и была его бессменным директором в течение 25 лет О.А. Григорьева. Ею были заложены основные направления развития единственного в городе и районе музейного учреждения.
В настоящее время Историко-художественный музейный комплекс функционирует как система взаимодействия различных сфер музейной деятельности. Предметы историко-культурного и природного наследия Нефтеюганского региона экспонируются, хранятся, изучаются в трех учреждениях: Музей реки Обь, художественная галерея «Метаморфоза», Культурно-выставочный центр «Усть-Балык». При музее работают: отдел по работе с ветеранами Великой Отечественной войны, Нефтеюганское общество старожилов города.
Приобщение населения к историко-культурному наследию края осуществляется различными формами деятельности. Каждое из учреждений «Музейного комплекса» привлекает своего посетителя и предлагает стационарные и сменные экспозиции, экскурсии, занятия, массовые мероприятия.
На базе Музея реки Обь постоянно работают экспозиции «Югорское наследие», «Природа реки Обь», «Страницы истории судоходства на Оби», организуются фондовые выставки.
Художественная галерея «Метаморфоза» популяризирует современное искусство, проводит сменные и привозные выставки, массовые мероприятия, детские занятия художественного творчества.
На базе КВЦ «Усть-Балык» действуют постоянные выставки «Интерьер 60-х», «Город, рожденный нефтью», организуются сменные выставки об истории города.
