Музей расположен в отдельном двухэтажном деревянном особняке с мезонином, построенном в 60-е годы XIX в. по заказу генерала-майора Капитона Парфеновича Слотова. В октябре 1923 г. Правительство БАССР предоставило дом Шагиту Ахметовичу Худайбердину (1896–1924) – партийному и государственному деятелю, участнику становления советской власти в Башкортостане. Ш. А. Худайбердин во время работы на руководящих постах оказал содействие в открытии детских домов, библиотек и развитию СМИ. Является организатором первой в республике газеты на башкирском языке «Башкортостан».
Постановлением Кабинета министров Республики Башкортостан от 1996 г. и Приказом Министерства культуры Республики Башкортостан от 1998 г. был открыт Дом-музей Ш. А. Худайбердина. Он впервые распахнул двери для посетителей 10 октября 2000 г. Дом является историко-архитектурным памятником республиканского значения и находится под охраной государства.
Музей дает представление о становлении национально-государственного строительства Башкортостана и об образовании республики в далекие 20-е гг. ХХ в. Отдельный зал – мемориальная комната семьи Худайбердиных.
В Доме-музее Ш. А. Худайбердина проводятся образовательные уроки, уроки мужества, акции, встречи.
