Датой основания музея считается 10 ноября 1951 года – день открытия первой экспозиции. В течение 40 лет музей располагался в здании Александро-Невской церкви, с 1991 года по настоящее время он занимает здание бывшего Дома политпросвещения.
В 2011 году для посетителей вновь открылся планетарий, который появился в Кургане в 1957 году.
Музей насчитывает около 200 000 экспонатов, 40 музейных коллекций. Это самое крупное в регионе хранилище историко-культурных и естественнонаучных коллекций.
В настоящее время в музее работают постоянные экспозиции отделов истории и природы, проводятся тематические выставки.
С 2003 года по инициативе музея и Курганского государственного университета в Кургане проводится ежегодная научно-практическая конференция «Зыряновские чтения», которая с 2006 года носит статус всероссийской.
Наряду с традиционными формами работы сотрудники музея активно практикуют интерактивные и комбинированные экскурсии с мастер-классами и элементами театрализации, квест-экскурсии, а также виртуальные выставки.
