Идея создания общедоступного музея в г. Томске исходила от интеллигенции города. Однако все усилия по его созданию, предпринятые на рубеже ХIХ–ХХ вв., оказались неудачными.
14 февраля 1920 г. после осмотра Архиерейского дома (бывшей усадьбы золотопромышленника И. Д. Асташева) комиссия приняла решение об открытии в ней Музея старины и революции. Этот день считается днем рождения музея.
18 марта 1922 г. в бывшем особняке золотопромышленника И. Д. Асташева была развернута первая экспозиция. 1 сентября 1922 г. на должность директора был назначен М. Б. Шатилов, имя которого сегодня носит музей. А в октябре 1922 г. музей получил название «Томский краевой музей».
Сегодня музей экспонирует собственные и привозные выставки, проводит интерактивные программы для разных возрастных аудиторий на материалах выставок и коллекций.
Коллекции музея соответствуют его краеведческому профилю. Музей имеет собственное продолжающееся научное издание «Трудов…», является инициатором и автором издания серии краеведческих сборников по истории и природе административных районов Томской области. Он является методическим центром музейной работы для всех музеев области.
