1 октября 1999 года главой администрации Агафоновой О.В. подписано постановление за № 175 об открытии муниципального учреждения «Музей истории п. Сибирский Алтайского края» и назначении директором муниципального учреждения «Музей истории п.Сибирский Алтайского края» Синявского Алексея Ивановича. Занимаемое помещение арендовалось в начальной школе, состояло из экспозиционного зала и подсобного помещения. Общая площадь, которую занимал музей составляла 70 кв. метров.
С 10 января 2001 г. на должность директора музея назначена Нечунаева Татьяна Николаевна. В сентябре 2001 года были открыты выставочный зал и мемориальная доска Владимиру Колосветову, посвященная подвигу земляка, погибшего при исполнении служебного долга в Чеченской Республике. Общая площадь, занимаемая музеем, составила 130 кв. метров. Постановлением главы администрации Драчевым С.М. за № 55 от 15.03.2004г. муниципальное учреждение «Музей истории п.Сибирский Алтайского края» переименовано в муниципальное учреждение культуры ЗАТО Сибирский Алтайского края «Музей истории ЗАТО Сибирский».
В 2007 году был открыт новый выставочный зал в здании ДК «Кристалл». Общая площадь арендованных музеем помещений стала составлять 98,3 кв.м. В 2008 году муниципальное учреждение культуры «Музей истории ЗАТО Сибирский» был внесен в Реестр музеев Российской Федерации. В 2011 году в соответствии с постановлением Администрации ЗАТО Сибирский № 27 от 25.01. 2011 г., учреждение переименовано в Муниципальное бюджетное учреждение культуры «Музей истории ЗАТО Сибирский» городского округа закрытого административно-территориального образования Сибирский Алтайского края.
