Музей был открыт 14 мая 1997 года, он начинался с одной комнаты и располагал небольшим собранием экспонатов. Основу этого собрания составляли личные вещи, книги и документы двух владык: митрополита Мануила (Лемешевского) и митрополита Иоанна (Снычева).
В 2001 году музей вошел в Союз музеев России. В 2002 году музей был зарегистрирован как учреждение культуры, штат его был расширен. Большой вклад в разработку научной концепции музея внесли архимандрит Вениамин (Лабутин) и Радченко Ольга Ивановна (директор музея).
В настоящее время постоянная экспозиция размещается в двух залах: экспозиция первого зала посвящена истории православной церкви в Самарском крае. Здесь представлены документы, фотографии архиереев, возглавлявших местную епархию, фотографии храмов, полностью уничтоженных в 30-е гг., и др. Центральное место в этом зале занимает мемориальная келия митрополита Мануила (Лемешевского), одного из известнейших иерархов Русской православной церкви ХХ века.
Во втором зале музея располагается экспозиция церковного искусства. Здесь представлены изделия монастырских мастерских (золотошвейных, белошвейных, иконописных), старопечатные и рукописные книги, иконы местных иконописных мастерских и отдельных иконописцев, например, иконы Григория Журавлева, который родился в 1858 г. в селе Утевка Бузулукского уезда Самарской губернии безруким и безногим (писал иконы, держа кисть в зубах).
Третий зал – выставочный.
