Отдел истории представлен наибольшим количеством экспозиций, включает в себя разные исторические временные периоды от Древней истории Алтая до сегодняшних дней. В историческом отделе можно увидеть саркофаг, котел, оружие из скифских курганов, предметы культа алтайских шаманов; оригинальное искусство старинного художественного литья из чугуна, буддийской скульптуры; коллекции часов и самоваров; уникальные образцы холодного и огнестрельного оружия, в том числе пехотное кремневое ружье образца 1808 года, произведенное на Ижевском оружейном заводе в 1824 году. Уникальными по своему научному значению являются коллекции неолита, эпохи бронзы и ранних кочевников, пазырыкская культура скифов и этнография кумандинцев, деревянное кружево домовой резьбы и искусство Востока. Собрана лучшая коллекция деревянной резьбы в Сибири.
Вам поведают подлинную историю Беловодья и таинственной Шамбалы, что искал Н.Рерих в горах Алтая. А также историю освоения казаками Южной Сибири, и создания Бикатунского острога, с которого и начался Бийск, гордо носящий сейчас звание Наукограда.
Коллекция Алтайских петроглифов насчитывает более 300 картин разных эпох, различных сюжетов, разнообразных стилей и техники.
А главный экспонат музея – уникальное здание в стиле модерн, построенное лучшим архитектором Сибири К.К.Лыгиным для Н.И.Ассанова, первым из сибирских купцов еще в 1901 году ставшим членом-корреспондентом Императорской Академии наук.
