Областной краеведческий музей учрежден решением облисполкома ЕАО и краевого исполкома 5 сентября 1944 года. 10 июня 1945 года он в первый раз открыл свои двери для посетителей.
Музей состоял из нескольких отделов: «Природа области», «Промышленность и сельское хозяйство», «Культурное строительство» и «Еврейская культура». До 1989 года в его залах преобладал материал по развитию народного хозяйства периода «развитого социализма» с идеологией руководящей коммунистической партии.
В 2002–2003 годах музей был закрыт на реэкспозицию. Художественное оформление, эскизы, дизайн новой экспозиции созданы и реализованы членом Союза художников РФ из г. Хабаровска А. А. Сучковым. В настоящее время в музее представлены следующие залы: «Природа ЕАО» (оформлен художником Ческидовым и считается одним из лучших на Дальнем Востоке), «История освоения Приамурья русскими с середины XVII до начала XX века», «Археологическое прошлое», «Гражданская война на Дальнем Востоке» (смонтирована диорама «Волочаевская бой», художники С. Д. Агапов и А. А. Горпенко), «Еврейская автономная область в годы Великой Отечественной войны», «История образования ЕАО», «Современная история области». После реконструкции в музее появился выставочный зал и зал «Предметы культа иудаики», в основу которого легла коллекция, подаренная музею раввином из Израиля Д. Эдельштейном.
