Экскурсии и тематические лекции проводятся в четырех экспозиционных залах музея.
Первый зал рассказывает об основателях музея, входящих в состав его совета, а также показывает современную историю развития города.
Во втором зале представлена коллекция обитателей природной экосистемы Новоалтайска, которая насчитывает несколько десятков зверей и птиц. В этом зале можно увидеть памятники археологии: коллекцию останков доисторических животных, обитавших на территории края, а также предметы из захоронений, относящихся к андроновскому, скифскому, тюркскому периодам истории. Особое место в зале занимает макет крепости на Белом Яру, построенной под руководством Ивана Максюкова в 1717 году.
Третий зал представляет собой выставку экспонатов, рассказывающих о жизни крестьян в период конца XIX – начала XX века. В этом зале можно узнать об обрядах и традициях, связанных с русской избой, узнать о ее устройстве, познакомиться с русской печью, посмотреть, как устроен ткацкий станок, который раньше был в каждом доме. Также можно увидеть элементы крестьянского быта – это глиняная посуда, изделия из бересты, а еще рукомойники, рушники и многое другое.
Экспозиции четвертого зала объединены под общим названием «XX век уходящий». Особый интерес представляет часть экспозиции, посвященная Великой Отечественной войне в жизни города, выставка «Жизнь человека в стране Советов» (элементы быта и интерьера жизни людей в советский период), а также коллекция камней и минералов, собранная основателем музея Василием Яковлевичем Марусиным.
