В октябре 1945 г. на совместном заседании командования ТОФ и Приморского крайкома КПСС было принято решение о создании музея истории Тихоокеанского флота. Инициатором создания музея и первым его начальником был подполковник Сушков Борис Александрович. Под его командованием и при непосредственном личном участии была проведена огромная работа по сбору экспонатов по истории Тихоокеанского флота. Большое число музейных предметов было вывезено из Русского музея в Порт-Артуре. В результате научных экспедиций работников музея на Камчатку и Командорские острова в 1958 г. музейная коллекция пополнилась материалами по истории освоения Дальнего Востока, а благодаря экспедиции на Курилы, в фонды поступили экспонаты периода войны с Японией 1945 г.
Пополнение музейной коллекции происходило и за счет передачи экспонатов во временное или постоянное пользование из других музеев, организаций. В конце апреля 1950 г. было завершено оформление экспозиции. 21 апреля 1950 г. командующий ТОФ контр-адмирал Кузнецов Н. Г. подписал приказ № 117/62 об открытии 9 мая в здании бывшей лютеранской кирхи на улице Пушкинской, 14 Военно-морского исторического музея Тихоокеанского флота. В сентябре 1997 г. музей был переведен в здание, являющееся памятником истории и архитектуры, в котором находится сейчас. В период с 1998 по 2002 г. в здании проводились ремонтные работы, с 2003 г. началось оформление экспозиционного пояса, а 9 мая 2005 г. Военно-исторический музей ТОФ вновь был открыт для посетителей.
