Музей создан в 1931 г. Фонд составляет более 140 тыс. экспонатов. В музейном собрании есть редчайшие образцы предметов каменного, бронзового и железного веков, древние украшения и оружие, а также бронзовые изделия скифо-сибирского звериного стиля, таштыкские погребальные маски, созданные из глины и гипса в I–V вв. н. э., керамическая посуда от энеолитической эпохи до Средневековья.
Гордостью музея считаются коллекции наскальных рисунков, каменных изваяний, стел и «Идолов Енисея», датируемых бронзовым веком и принадлежавших культуре народа, населявшего Хакасско-Минусинскую котловину около 5 тысяч лет назад.
В 2007 г. музею было присвоено звание национального и имя выдающегося археолога Леонида Романовича Кызласова. Музей стал ведущим методическим центром развития и совершенствования музейного дела в Хакасии. Осуществляются совместные выставочные проекты с музеями Новокузнецка, Томска, Красноярска, Минусинска и других регионов.
Площадь музейно-культурного центра составляет 28 129 кв. м. По форме здание круглое, вписанное в квадратный участок, диаметр комплекса равен 130 м, всего в нем 9 модульных блоков: экспозиции, административные помещения, детский музейный центр, фондохранилища. Кроме этого, в здании также будет концертный зал на 600 мест и конференц-зал на 150 мест. Кроме зала каменных изваяний здесь экспонируются временные выставочные проекты, проводятся массовые мероприятия.
