Организован в 2003 году на базе краеведческого музея города, который вел свою историю с 1989 года. Здесь хранятся и изучаются все коллекции музейного комплекса. В выставочных залах работают постоянные выставки: «Югорское наследие», «Природа реки Обь», «История судоходства на Оби». Периодически организовываются фондовые сменные экспозиции.
Экспозиция «Природа реки Обь» представляет окаменелые останки древнейших обитателей флоры и фауны– трилобита, моллюсков, морских лилий и динозавров, живших в пределах бассейна Оби от 30 до 300 миллионов лет назад. Геологическая коллекция подтверждает неисчерпаемые богатства полезных ископаемых территории. Также на выставке можно увидеть растения и животных, обитающих в бассейне реки в настоящее время. Чучела птиц, зверей и рыб достоверно вписаны в свойственную им среду. В витринах показаны маленькие островки природы – леса, озера и болота.
Экспозиция «Югорское наследие» – развёрнутый рассказ об истории и этнографии Салымского края (территория современного Нефтеюганского района) с древнейших времён до наших дней.
Самые древние археологические находки датируются периодом нового каменного века. Этнографический раздел выставки представляет традиционную культуру коренного населения нашего края-салымских и юганских хантов.
Выставка «Страницы истории судоходства на Оби» знакомит посетителей с историей водного транспорта, сыгравшего решающую роль в освоении и развитии северных территорий. Здесь представлены модели судов XVII–XX веков, подлинные деревянные детали коча-русского парусно-гребного судна, полученные в результате археологических раскопок.
