В музее археологии имени Е. С. Аннинского насчитывается более 3 000 экспонатов.
Е. С Аннинский с 1978 года занимался изучением наскальных росписей в среднем течении Енисея и за это время собрал уникальную коллекцию эстампажей с копиями самых знаменитых приенисейских писаниц. В фондах музея хранится более 260 эстампажей, изготовленных путем контактного копирования со скальных фризов. Наиболее интересными эстампажами считаются Шаманский камень, Большая и Малая Боярские писаницы. Наскальное искусство позволяет судить об уровне культуры быта народов Среднего Енисея.
В зале археологии представлены образцы памятников различных эпох, начиная с каменного века и заканчивая средневековьем: