История создания начинается с пришкольного музея, который основали учителя Байкитской средней школы: Т. И. Попова, Г. Г. Карнаухова и З. И. Кочнева. В 1978 году по инициативе председателя Байкитского райисполкома П. Т. Сухорукова пришкольный музей был передан отделу культуры и начал свою деятельность.
В апреле 1987 года районный музей официально стал филиалом Эвенкийского окружного краеведческого музея, а 1 января 1992 года был снова преобразован в Байкитский краеведческий музей. В 2002 году был официально зарегистрирован как Байкитский филиал окружного краеведческого музея.
Здесь действуют постоянные экспозиции. «Этнография и религия коренных народов Эвенкии» объединяет этнографические экспонаты: убранство чума; предметы материальной культуры эвенков – сезонную мужскую и женскую одежду; предметы охоты на крупного зверя кото и оружие; алэлы – культовые предметы кетов, одного из малочисленных народов Севера.
Экспозиция «Русский быт» знакомит посетителей с материальной культурой русских, проникших на территорию Эвенкии в конце XIX века: сундуками, прялками, утюгами, коромыслом, ухватом, настенными часами, самоваром.
Экспозиция «Зал боевой и трудовой славы» посвящена участникам Великой Отечественной войны – жителями поселка Байкит. Здесь собраны материалы: фотографии, документы, наградные листы, медали и ордена.
В экспозиции «Природа Эвенкии» посетители знакомятся с многообразием животного и растительного мира Эвенкии.
