Органный концертный зал известен многим исполнителям в России и за рубежом как один из лучших по акустике концертных залов страны. Он располагается в помещении бывшей домовой церкви томских архиереев. Великолепной акустикой зал обязан архитектору В. В. Хабарову, который возводил его в 1878–1881 годах.
В советское время в помещении церкви был открыт лекционных зал. Даже во время Великой Отечественной войны он сохранял статус лекционного и концертного зала. С 1948 по 1980 год здесь располагался и планетарий, оборудование которого было изготовлено знаменитой фирмой «Карл Цейс-Йена». С начала 50-х годов томичи приходили в этот зал на концерты и Томского симфонического оркестра, и солистов Томской филармонии, и знаменитых музыкантов, гастролировавших в разные годы в городе.
В январе 1981 года специалисты «Томскпроектреставрации» и ГРСУ-19 начали ремонт домовой церкви, чтобы установить орган, изготовленный в ГДР фирмой «Зауэр» из Франкфурта-на-Одере. И уже 17 июня 1981 года в концертном зале филармонии состоялся первый концерт органной музыки.