Предметом охраны объекта культурного наследия регионального значения «Часовня бывш. Мологского Афанасьевского монастыря, 1871 г.» являются: композиционные особенности здания, участвующего в формировании линии застройки Преображенского переулка; объёмно-пространственная композиция здания, состоящего из часовни, двухэтажной прямоугольной в плане, вытянутой по оси восток-запад, с примыкающем к южному фасаду по линии главного (восточного) фасада столбом ограды внутреннего двора, и одноэтажной Г-образной в плане с небольшим входным тамбуром пристройки, примыкающей к западной части южного фасада часовни и образующей небольшой внутренний двор, с лицевым (восточным) фасадом, образующим прясло ограды; двухскатная форма, габариты, угол наклона скатов и высотные отметки по коньку прямой крыши западной части часовни; форма, габариты, угол наклона скатов «вспарушенного» треугольными фронтонами четырёхгранного купола; форма и габариты барабана; форма и габариты маковичной главки, завершённой яблоком с восьмиконечным крестом; односкатная форма, габариты, угол наклона скатов и высотные отметки по коньку прямой крыши пристройки; местоположение, габариты, конфигурация и оформление оконных и дверных проёмов на главном (восточном) и лицевых (северном, южном) фасадах часовни, в том числе прямоугольная форма и осевое расположение оконных проёмов на южном фасаде; прямоугольная форма и расположение небольших оконных проёмов на северном фасаде; осевое расположение прямоугольного с арочной перемычкой дверного проёма на восточном фасаде; местоположение, габариты, конфигурация и оформление оконных и дверных проёмов на внутренних (выходящих во внутренний двор северном и восточном) фасадах, в том числе прямоугольная форма и осевое расположение дверного и оконных проёмов; характер столярных заполнений оконных и дверных проёмов, характер заполнений ворот ограды; материал капитальных стен – красный глиняный кирпич; материал кровли и окрытия ограды – металл; композиция и архитектурно-художественное оформление главного (восточного) и лицевых (северного, южного) фасадов часовни, в том числе рельефно выделенный низкий цоколь; гладкий широкий фриз, отделённый от поверхности стены полкой с профилированной нижней гранью, на южном фасаде разорванной оконными проёмами; мелкопрофилированный венчающий карниз; треугольные фронтоны над восточным фасадом и над восточными частями северного и южного фасадов с мелкопрофилированными наклонными карнизами; тонкий круглый в плане барабан главки с гладкой базой, пояском-полуваликом и профилированным карнизом; четырёхколонный портик с треугольным фронтоном, профилированным горизонтальным и наклонными карнизами (целесообразно восстановить при проведении научной реставрации) на восточном фасаде; композиция и архитектурно-художественное оформление внутренних (выходящих во внутренний двор северного и восточного) фасадов пристройки, в том числе рельефно выделенный цоколь и уступчатый карниз с рядом крупных зубцов; композиция и архитектурно-художественное оформление лицевого (восточного) фасада пристройки, образующего прясло ограды, и столба ограды, примыкающего к часовне, в том числе угловой и воротные столбы ограды; рельефно выделенный цоколь; горизонтальный с широкими швами руст воротных столбов; уступчатые карнизы и четырёхгранное завершение столбов; карниз в один уступ с рядом крупных зубцов прясла ограды; характер обработки фасадной поверхности: оштукатуренные поверхности наружных стен главного и лицевых фасадов часовни, внутренних и лицевого фасада пристройки; пространственно-планировочная структура интерьера: историческая планировка часовни в капительных стенах и перегородках, закреплённая потолочными тягами, в том числе поперечная капитальная стена, разделяющая первый этаж на восточное помещение часовни и западные хозяйственные помещения, и поперечная перегородка на втором этаже над капитальной стеной; архитектурно-художественное оформление интерьера, в том числе потолочные тяги в помещениях второго этажа; столярные заполнения дверных проёмов второго этажа в поперечной перегородке: дверная коробка в северном проёме с фигурными филёнками, двупольная трёхфилёнчатая дверь в южном проёме с прямоугольным филёнками: верхней крупной вертикальной, средней небольшой горизонтальной, нижней некрупной, близкой к квадрату, – с фигаррейным обломом и калёванными обвязками с непрерывной отживкой; голландская печь в восточном помещении второго этажа часовни с белыми гладкими изразцами на западной стенке, белыми изразцами с росписью кобальтом «побег в ромбе» и литой чугунной заслонкой с композицией в центре из лаврового венка, помещённого в него шлема и пересекающихся ружья и палаша с бордюром по краю, заполненным внизу петлями, вверху и по бокам орнаментом из завитков акантовых листьев с цветами, с лиственными угловыми розетками, вписанными в квадрат.
