Предметом охраны объекта культурного наследия регионального значения «Здание губернского музея» являются: - местоположение здания – в историческом центре г. Тобольска, на бровке Никольского взвоза, на Красной площади, вблизи Кремля; его градостроительные характеристики как «островного» акцентного элемента застройки площади; секторы и направления видовых раскрытий; - объемно-пространственная композиция и габариты одноэтажного на цокольном полуподвальном этаже, в плане прямоугольного, с купольной надстройкой здания, сформированного в результате увеличения основного объема 1887 – 1888 гг. объемом со стороны двора в начале ХХ в.; - высотные отметки по венчающим карнизам и коньку крыш, высотные отметки доминант, включая квадратный барабан, купол, аттики, фронтоны и другие венчающие элементы; - исторические пластические и силуэтные характеристики купольной части, включая венчающий бельведер; - форма, конструкции крыш, материал всех покрытий; - конструкция, материал капитальных стен; - композиционное решение и архитектурно-художественное оформление фасадов здания 1887 – 1888 гг., начала ХХ в. – местоположение, форма, размеры окон (арочные, прямоугольные), включая исторический рисунок столярных заполнений оконных проемов, оформление оконных наличников; ризалиты с фигурными аттиками; выкладка дат: 1587 и 1887; треугольные фронтоны; местоположение, оформление пилястр, подоконные балясины, оформление карнизов; местоположение, форма, размеры исторических входов (исключается композиционное решение и оформление существующих входных групп с портиками и крыльцами); - материал, техника фасадной обработки; - пространственно-планировочная структура интерьеров в пределах капитальных стен и перекрытий; - элементы убранства интерьера в редакции реставрации 1990-х гг.: профилированные карнизы, потолочные плафоны, профилированные обрамления окон и дверных проемов.
