Предметом охраны объекта культурного наследия «Нерюктяйская Иоанно-Предтеченская церковь» являются: Местоположение и объемно-пространственная характеристика остатков здания церкви; Габариты и характер кирпичной обработки стен здания, местоположение, габариты, конфигурация и оформление дверных и оконных проемов здания с металлическими коваными решётками; Материал, конструкция и характер капитальных стен, капитальные стены из красного глиняного кирпича способом обычной кладки; Пространственно-планировочная структура внутренних интерьеров здания церкви.
