Предметом охраны объекта культурного наследия «Мегинская Богородская церковь» являются:
- Местоположение и объемно-пространственная характеристика двухэтажного здания, покоящегося на стульях, заглубленных в землю, по оси запад – восток трехъярусной со звонницей колокольни, трапезной, собственно трехэтажного храма и двухэтажной алтарной части, участвующих в формировании всего комплекса построек поселка Бютяйдях;
- Габариты и характер старинной столярной обработки стен бревенчатого сруба с углами, сложенными «в обло», пятиугольная апсида с углами «в лапу», стены, обшитые тесом по всей высоте здания и по периметру, купольный характер кровли колокольни, храма и апсиды, двускатная крыша трапезной, высотные отметки колокольни, храма, апсиды с крестами, скаты с карнизом без декора по периметру;
- Конфигурация и оформление исторических (оригинальных) дверных и оконных проемов дома, столярное оформление дверных полотнищ с колодами, пороги и наличники из досок, полы и потолки из толстых досок, прямоугольные окна с ажурными металлическими решетками;
- Архитектурно-художественное оформление фасадов церкви, трехъярусной классического стиля колокольни, двусветного двухэтажного храма и пятиугольной апсиды, сложившиеся в конце XVIII – начале XIX вв. в Якутии;
- Характер обработки фасадных поверхностей наружных стен здания, вход с двускатным навесом, крыльцо со ступеньками, остатки гульбища, отесанная внутренняя сторона венцов здания, стесанные в виде брусков балки верхних перекрытий первого и второго этажей, карнизные скаты по периметру здания из профилированных досок без декора;
- Внутренний интерьер комнат (ризницы) с входными проемами и дверными полотнищами, оригинальные наличники и прямоугольные короба оконных проемов, две печи типа голландки, одна из которых предназначена для приготовления просвирни, лестницы, ведущие на верхние ярусы колокольни и самой церкви, фрески духовного содержания, сохранившиеся на холсте, обклеенного на стенах второго этажа;
- Металлические кованые изделия: гвозди разных размеров, петли, шарниры, полосы, крючья, ручки ручной кузнечной работы, дюралюминиевая доска с надписью «Министерство культуры Республики Саха. Мегино-Богородская церковь. Построена в 1823 г. Памятник архитектуры. Охраняется государством».
