Предметом охраны объекта культурного наследия федерального значения «Анненская крепость» являются: 1. Местоположение Анненской крепости в 3 км. восточнее станицы Старочеркасской; 2. Конфигурация объекта культурного наследия в виде правильного шестиугольника в плане, состоящего из земляных валов, укрепленных фортами; 3. Композиционно-пространственные особенности объекта культурного наследия; 4. Земляные валы, рвы, бастионы и равелины объекта культурного наследия; 5. Культурный слой, связанный с функционированием объекта культурного наследия, в пределах границ территории объекта культурного наследия; 6. Археологические недвижимые и движимые объекты, содержащиеся в составе культурного слоя, а также углубленные в материк (фрагменты жилых, хозяйственных, военных сооружений; антропологические и остеологические материалы, археологические предметы, иные следы жизнедеятельности человека); 7. Археологический подъемный материал в границах территории объекта культурного наследия.