В проект описания предмета охраны объекта культурного наследия федерального значения «Ансамбль Крыпецкого монастыря, XVI в.: Церковь Иоанна Богослова, Галерея, колокольня, Братский корпус» входит: объемно-пространственная структура комплекса культовых построек монастыря, включающая церковь Иоанна Богослова, колокольню Братского корпуса и трапезную палату, соединенных галереей; первоначальные и исторические параметры и формы оконных и дверных проемов на фасаде церкви Иоанна Богослова; элементы архитектурного декора фасадов церкви Иоанна Богослова: лопатки, аркатурный поясок, «бегунец», валиковые разводы, валиковые наличники, бровки; подлинные архитектурные конструкции: четверика и придела церкви Иоанна Богослова; фундамента, сводов и ниш трапезной палаты; сохранившихся ярусов колокольни; первоначальный материал фундаментов и стен – известняковая плита; в интерьере церкви Иоанна Богослова: пространственные характеристики интерьеров; параметры и форма арок, дверных и оконных проемов, ниш следы каналов связей; первоначальная и историческая планировочная структура церкви; древний пруд-копанец XV века, его местоположение и прямоугольная форма; Святой колодец; древнее монастырское кладбище, расположенное к северо-западу от церкви Иоанна Богослова.
