Предметом охраны памятника «Дом военного ведомства» являются: градостроительные характеристики здания: отдельно стоящий объем расположен среди современной застройки на юго-западном склоне сопки Крестовая восточного берега полуострова Шкота; объемно-пространственная композиция здания, представляющего собой двухэтажный кирпичный объем с цокольным этажом, юго-восточный торцевой фасад обращен на бухту Золотой Рог, юго-западный - к ул. Морозова, северо-восточный фасад - к ул. Саратовская; конструкция крыши (скатная, металлическая фальцевая), материал, характер кровельного покрытия и высотные отметки крыши здания; композиционное решение и архитектурно-художественное оформление фасадов здания, включая: оформление юго-западного фасада: ризалитом фасад разделен на две трехосные части, в котором первоначально располагался центральный вход; декоративные элементы фасадов выполнены из кирпича: карнизы, кронштейны, аркатурный пояс под венчающим карнизом, висячие лопатки; окна по всем фасадам прямоугольной формы на втором этаже заглублены в вертикальные ниши с зубчатым верхним краем; под окнами и в простенках находятся прямоугольные лежачие ниши с поребриком; два узких окна с полукруглым завершением в ризалите второго этажа, объединенных одной нишей с полукруглым завершением, в которой выполнена круглая ниша; на юго-западном фасаде над входом первоначальный двухскатный козырек с коваными кронштейнами и кованым треугольным фронтоном; нижняя полоска фронтона состоит из колец, в которых вписаны квадрифолии; в средней части фронтона размещено большое кольцо, в которое вписаны шесть колец вокруг седьмого центрального, в каждое из малых колец вписаны по три кольца, образующих трилистник; остальное поле фронтона заполнено узором из завитков; над вершиной фронтона - пика, опирающаяся на завитки; местоположение, габариты, конфигурация дверных и оконных проемов здания, рисунок переплетов окон; материал и характер отделки фасадных поверхностей; несущие стены, их материал и конструкции; сохранившаяся историческая пространственно-планировочная структура интерьеров здания, включая первоначальные габариты дверных проемов всех помещений здания; декоративная отделка помещений здания; конструкция и элементы внутренних лестниц, а именно: ограждение лестничных маршей, состоящих из длинных и коротких чередующихся стоек, круглых в сечении, и трех полос, расположенных параллельно маршам или площадкам, стойки завершались пиками.
