Предметом охраны объекта культурного наследия "Церковь Трифона в Напрудном" конца XV – начала XVI века являются: местоположение и градостроительные характеристики здания церкви конца XV – середины XVI века, участвующего в формировании Трифоновской улицы, его роль в композиционно-планировочной структуре квартала (согласно схеме предмета охраны); объемно-пространственная композиция здания церкви конца XV – середины XVI века, включающая квадратный в плане бесстолпный четверик с пониженной полуциркульной апсидой, с трехлопастным позакомарным завершением и одной шлемовидной главой на высоком цилиндрическом барабане, однопролетную двухстолпную звонницу над юго-западным углом храма, в том числе высотные отметки по венчающим карнизам, килевидным закомарам и кокошникам, щипцу звонницы (с учетом реставрации 1947– 1948 годов) (согласно схеме предмета охраны); позакомарное окрытие и шлемовидная глава, включая крест на подкрестном яблоке на конусе, полусферическая конха апсиды, в том числе крыша звонницы конца XV – середины XVI века, их конструкция, конфигурация, материал, характер кровельного покрытия, включая высотные отметки по конькам и зениту купольных завершений (с учетом реставрации 1947–1948 годов); композиционное решение и архитектурно-художественное оформление фасадов здания церкви конца XV – середины XVI века, включая местоположение, размер, форму, оформление оконных и дверных проемов, в том числе раскрепованный цоколь с широким профилированным поясом, пилястры, включая наугольные, профилированные карнизы с креповками, трехлопастное завершение, в центральном прясле с килевидным архивольтом, перспективные порталы с арочной перемычкой входного проема, с килевидными архивольтами и колоннами с резными дыньками в середине высоты фустов, венчающие профилированные карнизы, восемь килевидных кокошников в основании барабана, цилиндрический барабан с четырьмя узкими арочными нишами, расположенными по сторонам света, профилированные пояса из полуваликов над кокошниками и в основании главы, в том числе пилоны звонницы с импостами, коробовый свод арочного пролета, карниз щипцового завершения, а также граффити на двух белокаменных блоках на южном фасаде (с учетом реставрации 1947– 1948 годов) (согласно схеме предмета охраны); материал и характер отделки фасадных поверхностей конца XV – середины XVI века, в том числе открытая белокаменная кладка фасадных стен храма с белокаменными элементами декора, известковая обмазка кирпичной кладки барабана и звонницы (с учетом реставрации 1947–1948 годов); колористическое решение фасадов (с учетом реставрации 1947– 1948 годов); пространственно-планировочная структура интерьеров здания церкви в пределах капитальных стен и перекрытий конца XV – середины XVI века, (согласно схеме предмета охраны); капитальные стены и перекрытия конца XV – середины XVI века, их конструкции и материал, включая крещатый свод храма с распалубками и парусами, связи, купольное завершение барабана, конху апсиды полусферической формы (согласно схеме предмета охраны); лестницы крылец, их местоположение, конструкция, материал, характер оформления (с учетом реставрации 1947–1948 годов); архитектурно-художественное оформление интерьеров здания церкви конца XV – середины XVI века, в том числе голосники, расположенные попарно в верхних частях распалубок крещатого свода, полувалик в основании барабана, арочные ниши и печуры, белокаменные плиты пола, гнезда для засовов во внутренних нишах входных проемов (с учетом реставрации 1947–1948 годов) (согласно схеме предмета охраны); характер отделки и колористическое решение интерьеров здания церкви конца XV – середины XVI века, в том числе побелка по известковой обмазке (с учетом реставрации 1947–1948 годов); материал и характер оформления столярных заполнений оконных и дверных проемов, в том числе кубоватые решетки и металлические створки входного проема (с учетом реставрации 1947–1948 годов). Изменение предмета охраны может быть осуществлено в порядке и случаях, предусмотренных законодательством об объектах культурного наследия.
