Предметом охраны объекта культурного наследия федерального значения (памятника) "Церковь Иоанна Предтечи (Климента)" (XVII–XVIII веков) являются: местоположение и градостроительные характеристики здания церкви с колокольней XVIII–XIX веков, участвующего в формировании фронта застройки улицы Варварки, его роль в композиционно-планировочной структуре квартала (согласно схеме предмета охраны); объемно-пространственная композиция здания церкви XVIII–XIX веков, включающая двусветный четверик, трапезную, пятигранную алтарную апсиду четверика, колокольню квадратную в плане с открытым ярусом звона, северный придел, северо-западный притвор-сторожку, гранитное крыльцо у южного фасада колокольни (согласно схеме предмета охраны), в том числе высотные отметки по венчающим карнизам; композиционное решение и архитектурно-художественное оформление фасадов XVIII–XIX веков, включая местоположение, форму, размер, оформление оконных и дверных проемов, цоколи, лопатки, фартуки, сандрики, антаблементы, профилированные междуэтажные и венчающие карнизы, тяги, зубчатые пояса, креповки, элементы белокаменного декора, наличники, сандрики, монументальная живопись в нишах (с учетом реставрационных работ 2016 года; согласно схеме предмета охраны); материал и характер отделки фасадных поверхностей XVIII–XIX веков, в том числе белокаменный цоколь и детали (уточняется в процессе реставрационных работ); колористическое решение фасадов здания церкви с колокольней XVIII–XIX веков (с учетом реставрационных работ 2016 года); металлическая кованая оконная решетка с крещатым рисунком звеньев в южном оконном проеме второго яруса колокольни XVIII века (согласно схеме предмета охраны); пространственно-планировочная структура интерьеров здания церкви с колокольней в пределах капитальных стен, опорных конструкций и перекрытий, включая сводчатые XVIII–XIX веков (согласно схеме предмета охраны); капитальные стены и перекрытия, включая сводчатые XVIII–XIX веков, в том числе конструкции придела Климента Папы Римского и Петра Александрийского в интерьере существующего придела, их конструкция и материал, включая связи, армирование стен, перемычки, распалубки, в том числе лицевая поверхность кладки с клеймами второй половины XVII века на западном фасаде четверика храма и чердака трапезной, нижняя часть западной стены XVIII века со штрабами от примыкания поперечных стен и свода, обрубок связи на северной стене четверика, стенная ниша на северной стене четверика, ее местоположение, размер и конфигурация (согласно схеме предмета охраны); архитектурно-художественное оформление интерьеров XIX века, включая штукатурные рамочные оконные наличники, подоконный бордюр в трапезной и северном приделе, арку-нишу с профилированным гипсовым наличником в алтаре южного придела трапезной, гипсовый профилированный карниз по кованым гвоздям в уровне пяты свода четверика, монументальная живопись (согласно схеме предмета охраны). Изменение предмета охраны может быть осуществлено в порядкеи случаях, предусмотренных законодательством об объектах культурного наследия.
