Предметом охраны объекта культурного наследия федерального значения (памятника) "Церковь Софии. Трапезная" 1682 год, 1891–1893 годы являются: местоположение и градостроительные характеристики здания церкви, его роль в композиционно-планировочной структуре квартала (согласно схеме предмета охраны); объемно-пространственная композиция здания церкви середины XVII века, XIX века, осевая, трехчастная, включая четверик с трехъярусной пирамидой кокошников и с завершением в виде пяти глухих барабанов, алтарную часть с пониженной трехчастной апсидой, трапезную с тремя фронтонами, два придела, высотные отметки по венчающим карнизам (согласно схеме предмета охраны); крыша XVII века, XIX века, в том числе луковичные главки, их конструкция, материал, конфигурация, характер кровельного покрытия, печные трубы, высотные отметки главок с золочеными крестами по подкрестовым яблокам, по конькам, просечные подзоры (с учетом реставрации 1976–2000-х годов); композиционное решение и архитектурно-художественное оформление фасадов середины XVII века, XIX века, в том числе местоположение, форма, размер, оформление оконных и дверных проемов и ниш, наличники с килевидным завершением, наборные наличники с килевидным многопрофильным завершением, широкий циркульный оконный проем, украшенный многопрофильным наличником в поле треугольного фронтона западного фасада, лопатки с филенками, в том числе угловые, стилизованный треугольный фронтон, двойные полуколонны, пилястры, оформление барабанов глав висячими аркатурами, изразцы в кокошниках, венчающие карнизы с "поребриком" и "бегунцом", киот на восточном фасаде, рельефные кресты, оконные металлические решетки (с учетом реставрационных работ 1976–2000-х годов; согласно схеме предмета охраны); материал и характер отделки фасадных поверхностей середины XVII века, XIX века, в том числе штукатурка, изразцовые вставки (с учетом реставрационных работ 1976–2000-х годов); колористическое решение фасадов середины XVII века, XIX века (уточняется в процессе реставрационных исследований); пространственно-планировочная структура интерьеров здания церкви середины XVII века, XIX века в пределах капитальных стен, перегородок, опорных конструкций, дверных и иных проемов и перекрытий, в том числе сводчатых (согласно схеме предмета охраны); капитальные стены с металлическими связями, опорные конструкции, перегородки, перекрытия, в том числе сводчатые, середины XVII века, XIX века, их конструкция и материал (согласно схеме предмета охраны); декоративное оформление интерьеров середины XVII века, XIX века, в том числе мощение полов натуральным камнем, роспись на стенах и сводах В.А.Комаровского 1928 года (в четверике храма); столярные заполнения оконных и дверных проемов со скобяным прибором XVII–XIX веков, их материал, характер оформления и колористическое решение (с учетом реставрационных работ 1976–2000-х годов). Изменение предмета охраны может быть осуществлено в порядке и случаях, предусмотренных законодательством об объектах культурного наследия.
